Смешной карапуз Джимми — потрясающий изобретатель, уникум и гордость родного города Ретровилля. Вы не поверите, но Джимми даже умудрился войти в контакт с инопланетной цивилизацией! Но первый контакт с обитателями других миров получился неожиданным и печальным: гуманоиды оказались существами злобными и коварными!
Пришельцы решили совершить массированный налет на мирный и благополучный Ретровилль! В то время как Джимми развлекался в Луна-парке со своими друзьями, инопланетяне обрушились с небес, похитив при этом родителей всех детишек! Жизнь без строгих пап и мам, поначалу казавшаяся раем, стала совершенно невыносимой и тоскливой. Отважный Джимми Нейтрон решает спасти любимых родителей из инопланетного плена!
Вместе со своей верной собакой-киборгом и ребятишками Ретровилля мальчик-гений отправится в межгалактический поход освобождать родителей!